Hi
I have a very large data file with several hundred columns and millions of lines.
The important data is in the last set of columns with variable numbers of tab delimited fields in front of it on each line.
Im currently trying sed to get the data out - I want anything beetween :RES and the end of line in the example two lines below (lines begin with chr):
Currently Im trying variations on
sed -n '/RES/, /$/p' BIGFILE >sedout
which gets me the first set of info before :RES but not after
can anyone help - apologies for the inexperience
chr2 166746903 . CTAA CTAATATAA 999.0 mrd10;tdb0.05;mrd15;mrp0.05;bqb0.05 INDEL;DP=1647;VDB=0.0367;AF1=0.03161;AF2=0.08017,4.387e-06;LRT=4.35e-05;LRT2=0.000173;AC1=14;DP4=1300,129,22,0;MQ=35;FQ=999;PCHI2=0.0107;PC2=0,58;PV4=0.25,7.1e-06,0.43,1.7e-13;EFF=INTRON(MODIFIER||||TTC21B|retained_intron|CODING|ENST00000243344|),INTRON(MODIFIER||||TTC21B|retained_intron|CODING|ENST00000536175|);MPB=U;ABPA=22;ASTHMA=19 GT:PL:DP:SP:GQ:RES 0/0:0,81,255:27:0:93:0 0/0:0,24,153:8:0:36:0 0/0:0,93,238:31:0:99:0 0/1:14,0,135:7:0:4:0 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,63,245:21:0:75:0 0/0:0,15,140:5:0:27:0 0/0:0,3,35:1:0:15:-1 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,9,87:3:0:21:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,9,87:3:0:21:0 0/0:0,120,255:40:0:99:0 0/0:0,27,160:9:0:39:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,9,87:3:0:21:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,9,75:3:0:21:0 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,3,35:1:0:15:-1 0/0:0,87,255:29:0:99:-1 0/0:0,12,106:4:0:24:-1 0/0:0,12,101:4:0:24:0 0/1:14,0,117:7:0:4:0 0/0:0,6,60:2:0:18:0 0/0:0,27,185:9:0:39:0 0/0:0,9,87:3:0:21:0 0/0:0,3,35:1:0:15:-1 0/0:0,81,213:27:0:93:0 0/1:32,3,0:1:0:13:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,24,153:8:0:36:-1 0/0:0,39,228:13:0:51:-1 0/0:0,21,168:7:0:33:0 0/0:0,3,35:1:0:15:-1 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,15,140:5:0:27:0 0/0:0,0,0:0:0:12:-1 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,15,122:5:0:27:-1 0/0:0,12,106:4:0:24:-1 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,57,255:19:0:69:0 0/1:35,0,132:10:0:23:0 0/1:14,0,137:7:0:4:0 0/0:0,12,100:4:0:24:0 0/0:0,12,106:4:0:24:0 0/0:0,52,238:29:0:64:-1 0/0:0,72,239:24:0:84:0 0/0:0,60,255:20:0:72:0 0/0:0,21,168:7:0:33:0 0/0:0,55,255:30:0:67:0 0/0:0,42,177:14:0:54:0 0/0:0,39,255:13:0:51:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,181,255:60:0:99:0 0/0:0,18,169:6:0:30:-1 0/0:0,21,145:7:0:33:0 0/0:2,0,212:11:0:10:0 0/0:0,12,94:4:0:24:0 0/0:0,6,70:2:0:18:0 0/0:0,18,156:6:0:30:0 0/0:0,9,98:3:0:21:0 0/1:72,0,23:4:0:41:0 0/1:25,0,29:2:0:13:0 0/1:14,0,137:7:0:4:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,66,255:22:0:78:-1 0/0:0,18,135:6:0:30:0 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,132,255:44:0:99:0 0/0:8,0,125:8:0:5:-1 0/1:35,0,132:10:0:23:0 0/0:0,15,115:5:0:27:-1 0/0:0,6,70:2:0:18:-1 0/0:0,15,122:5:0:27:0 0/1:41,0,136:8:0:29:-1 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/1:26,0,55:3:0:14:-1 0/0:0,27,185:9:0:39:0 0/0:2,0,139:11:0:10:0 0/0:0,30,165:10:0:42:-1 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,33,238:11:0:45:0 0/0:0,18,135:6:0:30:0 0/0:0,42,178:14:0:54:0 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,12,106:4:0:24:0 0/0:0,12,106:4:0:24:0 0/0:0,24,178:8:0:36:0 0/0:0,51,182:17:0:63:0 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,15,140:5:0:27:-1 0/0:0,24,153:8:0:36:-1 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,6,64:2:0:18:-1 0/0:0,24,178:8:0:36:0 0/0:0,15,122:5:0:27:-1 0/0:0,6,64:2:0:18:-1 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,18,154:6:0:30:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,15,122:5:0:27:0 0/0:0,12,106:4:0:24:0 0/0:0,30,165:10:0:42:-1 0/0:0,0,0:0:0:12:-1 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,0,0:0:0:12:-1 0/0:0,3,33:1:0:15:0 0/0:0,12,105:4:0:24:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,54,245:18:0:66:0 0/0:0,15,122:5:0:27:0 0/0:0,9,87:3:0:21:0 0/0:0,15,122:5:0:27:0 0/0:0,12,106:4:0:24:0 0/0:0,0,0:0:0:12:-1 0/0:0,21,145:7:0:33:-1 0/0:0,9,68:3:0:21:0 0/0:0,15,122:5:0:27:0 0/0:0,9,87:3:0:21:-1 0/0:0,24,151:8:0:36:0 0/0:0,18,148:6:0:30:0 0/0:0,12,106:4:0:24:0 0/0:0,63,184:21:0:75:0 0/0:0,9,87:3:0:21:-1 0/0:0,9,98:3:0:21:0 0/0:0,9,87:3:0:21:0 0/1:14,0,117:7:0:4:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,42,231:14:0:54:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,81,255:27:0:93:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,21,145:7:0:33:0 0/0:0,24,178:8:0:36:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,3,35:1:0:15:-1 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,54,211:18:0:66:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,18,135:6:0:30:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,54,208:18:0:66:0 0/0:0,12,122:4:0:24:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,15,122:5:0:27:0 0/0:0,9,99:3:0:21:0 0/0:0,12,106:4:0:24:0 0/0:0,15,122:5:0:27:0 0/0:0,33,220:11:0:45:0 0/0:0,33,197:11:0:45:-1 0/0:0,18,135:6:0:30:-1 0/0:0,21,145:7:0:33:-1 0/0:0,30,165:10:0:42:0 0/0:0,45,208:15:0:57:0 0/0:0,72,255:24:0:84:-1 0/0:0,15,132:5:0:27:0 0/0:0,21,168:7:0:33:0 0/0:0,21,153:7:0:33:-1 0/0:0,21,168:7:0:33:0 0/0:0,33,169:11:0:45:0 0/0:0,9,87:3:0:21:0 0/0:0,18,135:6:0:30:0 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,102,214:34:0:99:0 0/0:0,3,35:1:0:15:-1 0/0:0,24,153:8:0:36:0 0/0:0,6,64:2:0:18:0 0/0:0,9,87:3:0:21:0 0/0:0,0,0:0:0:12:-1 0/0:0,6,64:2:0:18:-1 0/0:0,18,135:6:0:30:0 0/0:0,0,0:0:0:12:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,12,122:4:0:24:-1 0/0:0,148,255:49:0:99:0 0/0:0,24,153:8:0:36:0 0/0:0,6,64:2:0:18:-1 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,15,122:5:0:27:0 0/0:0,9,87:3:0:21:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,18,135:6:0:30:0 0/0:0,18,153:6:0:30:-1 0/0:0,3,35:1:0:15:0 0/0:0,9,99:3:0:21:-1 0/0:0,9,87:3:0:21:0 0/0:0,3,35:1:0:15:-1 0/0:0,24,178:8:0:36:0 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chr2 166747345 . TA TAACCAA 999.0 mrd10;sb0.05;tdb0.05;mrd15;mrp0.05 INDEL;DP=2010;VDB=0.0367;AF1=0.04555;AF2=0.1009,7.652e-06;LRT=9.18e-06;LRT2=3.71e-05;AC1=20;DP4=1559,232,39,0;MQ=35;FQ=999;PCHI2=0.00469;PC2=0,71;PV4=0.0069,1,1,4e-23;EFF=INTRON(MODIFIER||||TTC21B|retained_intron|CODING|ENST00000243344|),INTRON(MODIFIER||||TTC21B|retained_intron|CODING|ENST00000536175|),SPLICE_SITE_DONOR(HIGH||||TTC21B|retained_intron|CODING|ENST00000243344|),SPLICE_SITE_DONOR(HIGH||||TTC21B|retained_intron|CODING|ENST00000536175|);MPB=U;ABPA=25;ASTHMA=33 GT:PL:DP:SP:GQ:RES 0/0:0,90,255:30:0:99:0 0/0:0,18,126:6:0:28:0 0/0:0,168,255:66:0:99:0 0/0:0,39,203:13:0:49:0 0/0:0,36,243:12:0:46:0 0/0:0,105,237:35:0:99:0 0/0:0,3,35:1:0:13:-1 0/0:0,9,87:3:0:19:0 0/0:0,3,35:1:0:13:0 0/0:0,0,0:0:0:11:0 0/0:0,3,35:1:0:13:0 0/0:0,3,35:1:0:13:0 0/0:0,3,35:1:0:13:0 0/1:23,0,29:2:0:13:0 0/0:0,3,35:1:0:13:0 0/0:0,0,0:0:0:11:0 0/0:0,6,70:2:0:16:0 0/0:0,78,255:26:0:88:0 0/0:0,69,185:23:0:79:0 0/0:0,3,35:1:0:13:0 0/0:0,0,0:0:0:11:0 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